The Mortal lấy bối cảnh một thế giới nơi con người có thể thức tỉnh sức mạnh đặc biệt mang tên Echoea, được phân loại theo hệ và đóng vai trò then chốt trong chiến đấu cũng như địa vị xã hội. Những người sở hữu Echoea mạnh mẽ được đào tạo tại các học viện danh giá, trong đó Học viện Aetherium High là nơi quy tụ những học sinh ưu tú nhất. Nhân vật chính Ichinose Makoto là một thiếu niên kỳ lạ, bước vào Aetherium High với vị thế gần như bằng không. Không nổi bật về xuất thân hay danh tiếng, Makoto phải tự mình thích nghi với môi trường cạnh tranh khắc nghiệt, nơi sức mạnh, thành tích và tinh thần chiến đấu quyết định tất cả. Câu chuyện tập trung vào giai đoạn Makoto nhập học tại Học viện, làm quen với hệ thống huấn luyện, bạn bè và đối thủ mới. Thông qua các trận đấu xếp hạng, giải đấu nội bộ và nhiệm vụ thực chiến, cậu dần bộc lộ tiềm năng ẩn giấu cùng phong cách chiến đấu riêng biệt, từng bước khẳng định bản thân giữa những học viên tài năng. Song song với quá trình trưởng thành của Makoto là việc xây dựng mối quan hệ với nhiều nhân vật quan trọng, mỗi người mang lý tưởng, động cơ và con đường khác nhau. Những va chạm ban đầu giữa các cá nhân không chỉ tạo nên cạnh tranh mà còn đặt nền móng cho các xung đột lớn hơn trong tương lai. Câu chuyện đóng vai trò mở đầu series, giới thiệu thế giới, hệ thống sức mạnh và các nhân vật chủ chốt, đồng thời khắc họa hành trình từ con số không của Makoto - một thiếu niên đang từng bước tiến vào dòng chảy khắc nghiệt của số phận.